基因组重测序 用途与合成方法
基因组重测序可全面扫描基因组上的变异信息,一次性挖掘大量的生物标记物,该技术准确性高、可重复性好、定位精确,已被广泛应用于疾病、癌症的基因组研究。
通过全基因组重测序,研究者可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)、插入缺失(InDel,Insertion/Deletion)、结构变异(Structure Variation,SV)等变异位点。基因组重测序在动物方面的应用,通过基因比对,能够预测与动物重要性状有关的候选基因,通过全基因组重测序能够定位QTL,预测候选基因,分析群体进化过程等。植物、微生物和昆虫等方面也有应用,有助于分子育种、功能和进化研究。
基于以上变异位点作为分子遗传标记,在人类复杂疾病、动植物经济性状和育种研究及物种起源、驯化、群体历史动态等方面具有重大的指导意义:
提取基因组DNA,利用Covaris进行随机打断,电泳回收所需长度的DNA片段(0.2~5Kb),加上接头,进行cluster制备(Solexa)或E-PCR(SOLiD),最后利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法对插入片段进行重测序。
基因组重测序